Los proyectos de investigación que se encuentran vigentes como parte del trabajo que orientado al desarrollo rural realiza el Programa de Estudios Rurales y Territoriales, son las siguientes:

1. Estudio de los sistemas agrarios, derechos de tenencia de la tierra y dinámicas territoriales derivadas de la expansión de los cultivos para agro-combustibles y de las inversiones generadas por los megaproyectos.
2. Estudios sobre pobreza, seguridad alimentaria y cambio climático, impactos y respuestas desde las comunidades locales.
3. Estudio de la gestión colectiva de recursos naturales y propuestas de ordenamiento territorial.
4. Estudio de las cadenas productivas agropecuarias y forestales con énfasis en productos de origen, para el impulso del desarrollo económico local.
5. Empleo rural y migraciones, impactos sobre el tejido social y la capacidad productiva.
6. Investigación acción participativa sobre conocimientos tradicionales, agroecología y seguridad alimentaria.
7. Análisis de la equidad y relaciones de género en el medio rural.
8. Ecología política y ética medioambiental, estudio de las asimetrías y conflictos sociales asociados a la gestión de los territorios rurales y sobre todo, al ejercicio del poder político.
9. El bosque como fuente de sustento, de su importancia ecológica a su papel central en las estrategias de vida para las poblaciones rurales.
10. Estudio sobre el ejercicio de los derechos colectivos y propuestas de desarrollo de los pueblos indígenas

Estos proyectos de investigación están disponibles para ser ejecutadas por estudiantes de EPS, estudiantes de Problemas Especiales, estudiantes del Diplomado en Ordenamiento Territorial, estudiantes de la Maestría en Desarrollo Rural, estudiantes de doctorado de Universidades extranjeras e investigadores asociados.  Los profesores que integran el PERT conducen y/o asesoran, según sus interés y especialidad, los proyectos de investigación que se derivan de las líneas arriba indicadas.