Al interior de la Facultad de Agronomía, el IIA está vinculado con las siguientes dependencias y sus áreas de investigación:

	CATBUL Centro de Agricultura Tropical “Bulbuxyá”
	CEA Comité Editorial de Agronomía
	CEDA Centro Experimental Docente de Agronomía
	CEDIA Centro de Documentación e Información Agrícola
	CETE Centro de Telemática
	EEP Escuela de Estudios de Postgrado
	Finca Productiva y Experimental Docente de la Facultad de Agronomía “Sabana Grande”
	HERBADAT Herbario de la Facultad de Agronomía, USAC “José Ernesto Carrillo”
	Laboratorio de Biotecnología
	Laboratorio de Diagnóstico Fitopatológico
	Laboratorio de Suelos, Agua y Ambiente
	PERT Programa de Estudios Rurales y Territoriales
	UPDEA Unidad de Planificación y Desarrollo Educativo de Agronomía
	USIG Unidad de Sistemas de Información Geográfica
	UVIGER Unidad de Vinculación y Gestión de Recursos